Dios había glorificado ya en vida a San Francisco; después de su muerte se hizo célebre su sepulcro por los numerosos y ruidosos milagros. El escritor franciscano Bartolomé de Pisa describe los detalles de treinta casos de resurrecciones de muertos acaecidas por la intercesión del Santo. Honorio III había dado disposiciones para que se comenzaran los procesos para su canonización, pero el 18 de marzo de 1227 el Pontífice murió. Su sucesor fue el cardenal Hugolino, amigo de San Francisco y protector de la Orden, que tomó el nombre de Gregorio IX. El prosiguió los procesos, que concluyeron rápidamente.
El 16 de julio de 1228 Gregorio IX se trasladó a Asís y en la iglesia de San Jorge, ante los cardenales, obispos, sacerdotes y un número grandísimo de hermanos franciscanos, de hermanas clarisas y numerosísimo pueblo, procedió a la canonización: “Para alabanza y gloria de Dios omnipotente, Padre, Hijo y Espíritu Santo, de la gloriosa Virgen María, de los Santos Apóstoles Pedro y Pablo, para honra de la Iglesia Romana, queriendo rendir veneración en la tierra al Bienaventurado Padre Francisco, a quien Dios ya ha glorificado en el cielo, oído el parecer favorable de nuestros hermanos los cardenales y demás prelados, declaramos que él debe ser inscrito en el catálogo de los Santos, y fijamos su fiesta para el día aniversario de su muerte”.
El Pontífice entonó luego el “Te Deum”, que continuaron todos los presentes con gran entusiasmo.
San Francisco: místico cantor de Dios y de las criaturas, Santo del amor y de la fraternidad universal, renovador de la sociedad en el espíritu del evangelio, estigmatizado en la Verna, desde el 16 de julio de 1228 ha sido presentado por la voz del Vicario de Cristo para la imitación de todos los cristianos.
Una tumba gloriosa acogió las veneradas reliquias del Padre sobre el monte del Paraíso en Asís. Sobre aquella tumba el genio de fray Elías realizó el encanto de aquella triple, majestuosa basílica, donde el arte italiano surge y se fortalece, donde el pincel de Cimabue, de Giotto y de los otros grandes artistas italianos quiso rendir homenaje al Santo del amor y de la pobreza. Sobre la tumba del Seráfico Patriarca sus hijos desde siglos son fervorosos guardianes y vigilan al amado Padre en su sueño bienaventurado. Peregrinos de todo el mundo acuden continuamente para alcanzar de San Francisco los ejemplos y la fuerza para su propio itinerario espiritual hacia Dios en conformidad con el Santo Evangelio.